疾病监测

作者：王龙昊,吕恒梁,徐元勇,张文义

关键词：人类免疫缺陷病毒, 结核分枝杆菌, 共感染, 生物信息学, 基因表达特征

目的筛选用于区分人类免疫缺陷病毒（HIV）感染和HIV/结核分枝杆菌（MTB）共感染的外周血潜在的基因表达特征。方法首先从基因表达总览（GEO）数据库下载数据集GSE50834，分为HIV感染患者和HIV/MTB共感染患者两组进行差异分析，将差异表达基因（DEGs）进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，然后构建蛋白质相互作用网络（PPI）并筛选关键基因，通过受试者工作特征（ROC）曲线分析关键基因的诊断价值，以及通过加权基因共表达网络（WGCNA）分析进行验证，从而得到有价值的基因表达特征。结果共筛选得到100个DEGs，其中上调基因58个，下调基因42个。 GO功能注释显示，DEGs主要集中在炎症反应、细胞质膜和与碳水化合物结合等功能；KEGG通路富集分析显示，DEGs主要集中在补体凝血级联和趋化因子信号通路。 从PPI网络获得4个关键基因，ROC分析显示均有较高的诊断价值，在WGCNA连接度较高的基因集中找到了CXC基序趋化因子配体2（CXCL2）、前血小板碱性蛋白（PPBP）和CXC基序趋化因子配体10（CXCL10）基因。结论CXCL2、PPBP和CXCL10基因可以作为区分HIV感染和HIV/MTB共感染重要的基因表达特征，为相关生物标志物的探索提供一定的思路。

来源：2024年第10期

《疾病监测》期刊编辑部

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