疾病监测

作者：曹冉冉,刘晨霞,罗灿,徐朝花,刘李,潘明

关键词：猴痘, 猴痘病毒, 全基因组测序, 纳米孔测序

目的分析四川省首例猴痘病例感染病毒全基因组特征，为猴痘防控工作提供基础资料。方法采集病例咽拭子和疱疹液拭子提取核酸，用实时荧光聚合酶链式反应（PCR）进行初筛，确认阳性后用纳米孔测序进行全基因组测序。 测序数据用Minimap2 v2.18-r1015、Medaka v1.8.0、Snpeff v4.3.1软件进行组装、核苷酸突变位点识别和功能注释，通过在线分析平台Nextclade（https://clades.nextstrain.org/）进行型别鉴定，以IQ-TREE v2.1.2 软件构建全基因组进化树。结果3种实时荧光PCR试剂盒检测咽拭子和疱疹液拭子均显示猴痘病毒核酸阳性，且疱疹液拭子每个反应管内荧光信号达到设阈值时所经历的循环数（Ct值）均低于咽拭子。 全基因组测序分析显示，该病例感染的猴痘病毒（SC001）属于IIb分支B.1.3基因型，与美国、日本、中国浙江省等地流行的毒株同源（核苷酸相似性99.98%～99.99%），其中与浙江省流行的毒株最为相近（核苷酸相似性99.99%）。 与参考基因组（NC_063383.1）相比，SC001株含有70个单核苷酸突变位点。结论四川省首例猴痘病例感染的病毒与我国其他地区流行株的基因型一致，后续应持续关注病毒遗传进化情况，警惕新变异株出现。

来源：2024年第8期

《疾病监测》期刊编辑部

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