疾病监测

作者：张美玲,周洁楠,陈瑶瑶,孙艳红,刘照生,赵晓南,伏晓庆

关键词：新型冠状病毒, 溯源, 基因组, Omicron变异株, 突变位点

  目的  调查2022年9月云南省镇康县新型冠状病毒感染本土疫情的感染来源和病毒变异情况。  方法  收集疫情期间采集的9例本土病例和3例境外病例的标本进行新型冠状病毒（SARS-CoV-2）全基因组测序。 通过基因组学分析，结合流行病学调查内容，明确病毒基因组变异情况及感染来源。  结果  来自9例本土病例的病毒株属Omicron变异株BA.5.2和BA.5.2.20进化分支，形成独立的两条传播链，均与境外病例病毒株基因组序列高度同源。 结合流行病学调查，提示可能与直接或间接接触境外病毒感染病例有关。 BA.5.2和BA.5.20基因型毒株基因组序列共享53个氨基酸错义突变和11个氨基酸缺失突变，各自具备其代表性氨基酸突变位点。 在S蛋白上均发现HV69～70del、L452R、T478K、R493Q回复突变、F486V等可能影响病毒传播力和免疫逃逸能力的关键性变异位点。 同时研究发现，S:K147T、S:M1237V、ORF1a:M85del等其他特征性突变位点，其功能作用值得进一步研究。  结论  本次疫情有2个境外病毒感染源，提示云南省边境地区疫情的复杂性和长期性。 因此，边境地区仍要提高监测预警敏感性，不断有方向性地追踪病毒变异动态，以期提高SARS-CoV-2感染防控工作的科学性和精准性。

来源：2023年第4期

《疾病监测》期刊编辑部

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