疾病监测

作者：徐帅,车彦林,李臻鹏,黄元铭,韩李超,李丹,李振军

关键词：诺卡菌, <i>dapb1</i>基因, 系统分类, 细菌鉴定

&nbsp; 目的 &nbsp;评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。&nbsp; 方法 &nbsp;从公共数据库中获得230株菌株（198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株）基因组序列，从198株诺卡菌（90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株）基因组中提取dapb1基因，采用clustalo进行多序列比对，并用iqtree构建系统发育树。 计算全基因组平均核苷酸一致性（average nucleotide identity, ANI），并对16S rRNA序列进行PCR扩增，扩增片段经纯化后测序，与dapb1基因鉴定结果进行比较。&nbsp; 结果 &nbsp;基于dapb1基因对诺卡菌模式菌株构建系统发育树，90株诺卡菌模式菌株被分为5个进化分支，种间相似度为73.80%～97.74%，平均相似度为82.40%。 将该方法应用于31株诺卡菌标准菌株和77株临床菌株，结果显示16S rRNA基因与ANI一致率为77.7%，而dapb1基因与ANI一致率为100%，dapb1基因比16S rRNA基因具有更高的分辨率和准确性，可对诺卡菌进行准确的定种。 其98.08%的序列相似度可作为诺卡菌菌种鉴定的界值。&nbsp; 结论 &nbsp;dapb1基因具有良好的种间分辨率，可对诺卡菌进行快速、准确的定种，能够真实反映诺卡菌种间的系统发育关系，可应用于诺卡菌菌群遗传结构分析、暴发溯源和流行株的传播监测。

来源：2022年第2期

《疾病监测》期刊编辑部

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