疾病监测

作者：肖桃,雷高鹏,黄伟峰,吕虹,刘丽,杨小蓉,何树森

关键词：肠炎沙门菌, 脉冲场凝胶电泳, 多位点可变数目重复序列分析, 全基因组测序, 分子分型

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法，为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征，比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时，其DI值均＜0.9，PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上，WGS-SNP的DI 值最高，可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP，在缺乏基因组分析能力的情况下，推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。

来源：2021年第11期

《疾病监测》期刊编辑部

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