疾病监测

作者：李喆,王丽婵,谭亚军,马霄

关键词：百日咳毒素, 进化簇, 遗传距离, 特征性位点, 进化速率

  目的  了解百日咳毒素（pt）基因启动子区及不同亚基编码区遗传变异特点及进化规律，为分子流行病学监控和疫苗研究提供参考依据。  方法  从GenBank数据库中下载已公开发表的百日咳菌株pt基因启动子区序列及S1～S5亚基编码序列，利用PhyML 3.0 软件构建系统发育树，确定进化簇；利用MEGA 7.0软件计算遗传距离；通过VESPA分析工具，分析不同进化簇的特征性核苷酸/氨基酸位点；利用SNAP v2.1.1软件计算不同区域选择压力。  结果  获得启动子区序列797条，含有4个进化簇，平均遗传距离为1.89×10 −3；获得S1区序列786条，含有4个进化簇，平均遗传距离为2.43×10−4，dn/ds>1；获得S2区序列772条，含有2个进化簇，平均遗传距离为4.31×10−5，dn/ds>1；获得S3区序列772条，含有1个进化簇，平均遗传距离为3.96×10−6；获得S4区序列775条，含有1个进化簇，平均遗传距离为2.36×10−5；获得S5区序列776条，含有1个进化簇，所有序列无差异，平均遗传距离为0。  结论  pt基因不同区域遗传变异度及进化特点存在明显差别。针对pt基因的分子流行病学研究和疫苗研发应重点关注启动子区，S1亚基及S2亚基。

来源：2021年第7期

《疾病监测》期刊编辑部

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