疾病监测

作者：张景山,赵文轩,陈美玲,杜小莉,赵林,王紫鉴,肖文静,张巍巍,赵宏群,李杰,刁保卫,阚飙,逄波

关键词：副溶血弧菌, 多位点串联重复序列分析, 数目可变串联重复序列, 单核苷酸多态性, 全基因组测序, 分型方法

  目的  比较基于全基因组测序（WGS）SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力，并分析两种方法的优缺点及适用情况。  方法  选取我国分离的56株副溶血弧菌，使用6个数目可变串联重复序列（VNTR）位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析，通过量化指标评价这两种方法对我国分离的副溶血弧菌的分型能力。  结果  56株副溶血弧菌经MLVA分型，获得31种MLVA型，D值为0.949。 对56株副溶血弧菌进行全基因组测序，获得33个差异明显的基因型，D值为0.967。 两种分型方法对菌株的分辨能力十分接近，分型结果高度一致。  结论  6位点的MLVA分型方案与基于全基因组测序SNP的分型方案具有相似的分型能力，其分型能力稍弱。

来源：2021年第5期

《疾病监测》期刊编辑部

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